北大医学院和北大不一样，北京大学包含北京大学医学部。北京大学医学部为北京大学六大学部之一，医学部具有实体的行政体系。通常说的北大，特指北京大学校本部燕园校区。
北京大学医学部就是北京大学的一个组成部分，相当于北京大学医学学科及专业的教育教学单位，与原来的“软件与微电子学院”、“未来技术学院”、“光华管理学院”等学院类似，但北京大学基本上都改为学部制了。除北京大学医学部之外，另有理学部、信息与工程学部、人文学部、社会科学学部、经济与管理学部等。
北大医学部和北大在录取分数线、招生代码、专业方向、管理模式等方面是有明显不同的。北大医学部的投档线往往是低于北大本部，北大医学部的招生代码为，北京大学的招生代码为。因为北大和北大医学部是单独招生的，所以在专业调剂的时候，也只能在同一个招生代码的范围实行调剂。北大医学部的专业都是和医学相关的，而北大是综合性的大学，专业也是多样的。由于北大医学部是属于北大的，所以北大是没有另设医学部。北京医科大学和北京大学合并组建新的北京大学，而北京医科大学也在同年更名北大医学部，但是北大医学在招生录取和教学管理上面都是独立的。
总的来说，北大医学部也是一个不错的选择，在毕业后也是由北大本部进行颁发证书的，并且北大医学部的整体师资力量、院校实力和声望都是很好的。
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